11 września 2001 r. grupa zamachowców uprowadziła 4 samoloty, z czego 2 rozbito o wieże World Trade Center, 1 o ściany Pentagonu, a 1 rozbił się w Pensylwanii (celem był najprawdopodobniej Kaptiol). Jak wykazała rządowa Komisja 9/11, zamachów dokonała grupa dowodzona w terenie przez Muhammad Attę. Operację zaplanowali wspólnie Osama bin Laden, Ayman az-Zawahiri, Chalid Szaych Muhammad i Hambali (Riduan Isamuddin, indonezyjski terrorysta, twórca Jemaah Islamiyah).
Bezpośrednim następstwem zamachów była ogłoszona przez George’a W. Busha „wojna z terrorem”. Już 7 października 2001 r. rozpoczęła się w Afganistanie operacja Enduring Freedom, w której wzięły udział siły specjalne i lotnictwo Stanów Zjednoczonych, Wielkiej Brytanii, Australii oraz siły lądowe afgańskiego Sojuszu Północnego walczącego od lat z Talibami. 5 grudnia 2001 usankcjonowano prawnie powołanie Międzynarodowych Sił Wsparcia Bezpieczeństwa (ISAF), których członkiem do dziś jest Polska. Nasz kraj, na prośbę prośbie Amerykanów, swój udział w operacji potwierdził 22 listopada 2001, a pierwszych 100 logistyków, saperów i ochraniających ich komandosów z GROM-u dotarło do Afganistanu 16 marca 2002 i zostało rozlokowanych w Camp White Eagle w Bagram w prowincji Parwan.
W wyniku operacji zlikwidowano Islamski Emirat Afganistanu, liczne bazy szkoleniowe al-Kaidy i Talibów. Do 2002 r., siły koalicji zdołały zadać poważny cios wymierzony w zdolności operacyjne al-Kaidy, zabito wielu bojowników i zmuszono dowództwo organizacji do ucieczki na pogranicze afgańsko-pakistańskie. Do 2004 r. rząd Stanów Zjednoczonych ogłosił schwytanie bądź zabicie 2/3 przywództwa al-Kaidy z 2001 r., w tym Chalida Szaycha Muhammada i Muhammada Atefa. Reszta wysokich rangą terrorystów organizacji pozostała w górzystych kryjówkach Pakistanu i Afganistanu, albo przeniosło się do Iraku bądź Jemenu.
Działania NATO w Afganistanie mocno uderzyły w infrastrukturę al-Kaidy oraz trzon organizacji z jej centralnym kierownictwem. Bynajmniej nie oznaczało to pokonanie światowego terroryzmu. Wprawdzie kierownictwo ścigane przez koalicję antyterrorystyczną utraciło zdolności do bezpośredniej komunikacji, odbywania narad, i nawiązywania kontaktów za granicą, potrafiło dobrze dostosować się do nowych warunków.
Al-Kaida nauczyła się doskonale używać internetu, komórek i innego sprzętu telekomunikacyjnego, zarówno w celach operacyjnych, organizacyjnych, werbunkowych, jak i propagandowych. Oświadczenia bin Ladena czy az-Zawahiriego zaczęły być bezpośrednio zamieszczane w sieci przez ich współpracowników, z pominięciem al-Dżaziry, czy innego pośrednika. Zaczęły tam również trafiać filmy z przeprowadzonych zamachów, egzekucji, zasadzek na żołnierzy, materiały szkoleniowe z zakresu pirotechniki, techniki wojskowej, sztuk walki, książki, artykuły promujące ideologię globalnego dżihadu i radykalną interpretację szariatu.
Al-Kaida nie przestała być groźna także z tego powodu, iż wcześniej nawiązała kontakty niemal na całym świecie, w części krajów działały silne liczebnie struktury terrorystyczne, w innych, zwłaszcza zachodnich, krajach funkcjonowały tzw. uśpione komórki współpracowników organizacji czekające na sygnał i właściwy moment do ataku. Nie zostały rozbite również systemy finansowania, pozyskiwania i prania pieniędzy, transferu środków, choć zablokowano niektóre konta w bankach, z których korzystali dżihadyści (zależności między światowymi mafiami, handlarzami narkotyków, pralniami pieniędzy, międzynarodowymi bankierami i inwestorami opisuje Luis Pulido w książce „Sieć Al-Kaida”, Warszawa 2008).
To właśnie po inwazji na Afganistan zaczęła kształtować się wielopoziomowa struktura al-Kaidy. Rozpoczął się proces klarowania modelu „nowej al-Kaidy” charakteryzującego się 4 podstawowymi cechami – segmentacją, policentryzmem, ideologiczną integracją oraz oparciem na nowoczesnych technologiach komunikacyjnych.
Na najwyższym poziomie znajduje się rdzeń kierownictwa organizacji z siedzibą w Pakistanie, osoby odpowiedzialne za opracowanie strategii i ideologii terrorystów oraz o dbanie o jej wizerunek, jak bin Laden, Abu Yahya al-Libii, Ayman az-Zawahiri, Hassan Gul, Hamza al-Ghamdi, Abd al-Rahman al-Maghrebi, and Abu Zayd al-Kuwaiti al-Husaynan, na których przede wszystkim skupiała się początkowo uwaga planistów wojny z terroryzmem. Ich zdolności decyzyjne są jednak mocno ograniczone – większość uwagi poświęcają na to jak nie dać się złapać. Dlatego niezbędne okazało się przejęcie ich kompetencji przez organizację drugiego poziomu.
Drugi poziom al-Kaidy to wszelkie stowarzyszone grupy terrorystyczne, które oficjalnie uznały zwierzchność i przyjęły „starą grupę bin Ladena” za wzór do naśladowania, ideologię Frontu Walki z Krzyżowcami i Żydami za obowiązującą i które czerpią z doświadczenia i duchowego wsparcia centralnego kierownictwa. Grupy te operują, bądź operowały na czterech głównych teatrach działań – w Afryce Północnej (Al-Qaeda in the Islamic Maghreb – AQIM działająca w Sahelu, Egyptian Islamic Jihad, w przeszłości – Libyan Islamic Fighting Group), Iraku (Al-Qaeda in Iraq / Islamic State in Iraq), Półwyspie Arabskim (Al-Qaeda in the Arabian Peninsula – AQAP i Ansar Szaria) i Rogu Afryki (Ash-Shabab). Izrael podejrzewa również o związki z al-Kaidą – Hamas, Islamski Dżihad, a nawet szyicki Hezbollah.
Na trzecim poziomie znajdują się formalnie niezależne organizacje, które utrzymują jednak kontakty pośrednie lub bezpośrednie z drugim lub pierwszym poziomem al-Kaidy. Organizacji tego poziomu na całym świecie jest kilkadziesiąt. Działają one w krajach arabskich, na Kaukazie (Czeczenia – bin Laden nawiązał kontakty Szamilem i Sirvanem Basajewem, Dagestan), Azji Środkowej (Afganistan, Pakistan, Uzbekistan), Azji Południowo – Wschodniej (Filipiny), w Afryce Zachodniej (Boko Haram w Nigerii, Ansar Dine w Mali). Wszystkie trzy stopnie łączy ideologia. Możliwe jest też wspólne działanie w przypadku zbieżności krótkoterminowych celów strategicznych.
Ostatni poziom obejmuje wszystkie pozostałe siatki terrorystyczne bez bezpośrednich związków z wyżej wymienionymi. Często są to amatorskie, nieliczne formacje, czy nawet pojedynczy terroryści – „samotne wilki”, inspirowane ideologią dżihadu i kierowane chęcią odwetu za postrzegane przez nich krzywdy wyrządzone muzułmanom.
Po 11 września, Stany Zjednoczone uderzyły w najwyższy poziom al-Kaidy, oraz w część źródeł jej finansowania – sankcjom poddano banki zamieszane w transakcje finansowe z bin Ladenem. Bitwa w tym zakresie została wygrana, jednak administracja Busha nie doceniła możliwości drzemiących na niższych poziomach organizacji, nieformalnej bankowości, hawali opartej na zaufaniu, funkcjonującej głównie w Zatoce Perskiej i Pakistanie oraz siły jej ideologicznego oddziaływania.
Celem inwazji na Afganistan był też kwitnący handel opium z afgańskich maków. Amerykanom udało się wprawdzie odciąć od tego lukratywnego biznesu Talibów i ich sojuszników z al-Kaidy i zmniejszyć areały upraw w pierwszych latach operacji Enduring Freedom. Później uprawy przejęli lokalni watażkowie, którym pozwolono parać się narkobiznesem w zamian za pomoc w walce z buntownikami. Część z nich do dzisiaj utrzymuje kontakty z al-Kaidą, część skłania się do współpracy z siłami NATO i afgańskim pro-zachodnim rządem.
Elementem wojny z terrorem była oficjalnie inwazja na Irak w marcu 2003 r. Operacja Iraqi Freedom w założeniach miała obalić reżim potencjalnie sprzyjający terrorystom, produkujący broń masowego rażenia i stanowić eksperyment demokratyczny na Bliskim Wschodzie. Tajemnicą poliszynela jest fakt, iż do powodów inwazji należały również chęć zabezpieczenia irackich surowców energetycznych, zapewnienia bezpieczeństwa zasobom ropy państw Zatoki i drogom jej transportu, neutralizacja reżimu o jawnie wrogich zamiarach względem Izraela, wreszcie stworzenie bazy wypadowej do potencjalnego przyszłego ataku na Iran.
W aspekcie wojny z terroryzmem inwazja na Irak okazała się porażką. Stanów Zjednoczone nie do końca zdawały sobie sprawę z pokładów antyamerykanizmu drzemiących nad Eufratem. Wpływy al-Kaidy w Iraku nie tylko nie zostały zlikwidowane, ale także znacznie się umocniły. Chaos powojenny sprzyjał powstawaniu nowych organizacji drugiego poziomu al-Kaidy– np. Al-Qaeda in Iraq (obecnie pod parasolem koalicji Islamic State of Iraq) oraz ruchu oporu przeciwko okupacji – w tym organizacji szyickich i sunnickich a ponadto zwykłych gangów i organizacji przestępczych
Sunnickim terrorystom przewodził Abu Musab az-Zarqawi, człowiek z bliskiego otoczenia bin Ladena. Z całego świata zaczęli napływać muzułmańscy ekstremiści gotowi do walki z amerykańskim „szatanem”. Co ciekawe, mimo wyraźnych konfliktów szyicko – sunnickich w terenie, sam bin Laden uważał ze współpraca al-Kaidy z szyitami jest możliwa. Przywódca terrorystów złagodził swoje poglądy na temat tego nurtu islamu po spotkaniu z Imadem Mughniyeh z libańskiego Hezbollahu w Sudanie, w 1994 r.
Działalność al-Kaidy w Iraku skupiała się na zadaniu jak największych strat koalicji antyterrorystycznej, o czym mogli przekonać się także polscy żołnierze i personel. Metodą walki stały się głównie samobójcze zamachy, miny pułapki, porwania i publiczne egzekucje, miny pułapki, skrytobójcze mordy współpracowników koalicji. Nigdy jednak nie wykroczyła ona poza granice Iraku (aż do rewolucji w Syrii 2011 r.). Organizowaniem zamachów w Europie, Stanach Zjednoczonych zajęły się regionalne, odpowiednie oddziały al-Kaidy.
Początkowo, główny ciężar walki z Zachodem wzięła na siebie al-Kaida w Magrebie oraz jej komórki w Europie. W 2004 i 2005 doszło do ataków bombowych w Madrycie i w Londynie. Mimo, że nie ujawniono twardych dowodów na powiązania zamachowców z al-Kaidą pierwszego poziomu jasne były ich związki z terrorystami północnoafrykańskimi. Oczywiste były też cele zamachowców, zbieżne z celami irackiej al-Kaidy, a w dalszej perspektywie centralnego dowództwa. Do wycofania z Iraku została skłoniona Hiszpania – stanowiło to ważny sukces propagandowy – dowód na to, że metody terrorystyczne mogą wpłynąć na zmianę polityki zagranicznej wrogich państw.
Skuteczne zamachy w w Indiach, Europie, a potem w Egipcie (2005 r. – Szarm el-Szejk), skuteczne działania partyzanckie w Iraku, Jemenie, Afryce Północnej, Rogu Afryki wpłynęły na popularyzację idei dżihadu wśród radykalnie nastawionych wyznawców islamu. Zwiększył się napływ ochotników, zarówno do komórek prowadzących bezpośrednią walkę zbrojną (w połowie pierwszej dekady XXI w. jednym z głównych źródeł rekrutów stała się Libia – Libyan Islamic Fighting Group z Abdel Hakimem Belhadżdżem na czele), jak i do uśpionych komórek w Europie i Stanach Zjednoczonych.
Zwiększenie militarnej obecności sił koalicji w Iraku po 2007 roku, przyczyniła się do wypchnięcia wielu grup terrorystycznych z tego kraju. Znaleźli oni jednak nową bazę wypadową w Jemenie. Tam też z połączenia saudyjskiego i jemeńskiego skrzydła al-Kaidy, powstała Al-Qaida in Arabic Peninsula. Tamtejsza organizacja zajęła się nie tylko walką partyzancką z rządem Jemenu, ale również przygotowywaniem zamachów na terytorium Stanów Zjednoczonych (w 2010 r. udaremniono próby wysadzenia samolotów lecących do Stanów Zjednoczonych).
Postępy koalicji w Iraku spowodowały też zwiększenie aktywności terrorystów w Afryce Północnej – AQIM, Kaszmirze (głównie organizacja trzeciego stopnia Harkat-ul-Mujahideen, Lashkar-e-Taiba i Jaish-e-Mohammed), Somalii – Ash-Shabab i Indiach.
Wojna z terroryzmem odbywa się, obok poziomu militarnego, na poziomie służb cywilnych, a także legislacyjnym. Z powodu zamachów zaostrzono środki bezpieczeństwa na lotniskach i w liniach lotniczych, nadano większe uprawnienia policji i służbom specjalnym (Patriot Act) co budzi sprzeciw obrońców wolności obywatelskich. Rozwija się międzynarodowa współpraca policji, straży granicznej, urzędów – w ramach Unii Europejskiej, Interpolu – jest to konieczne z uwagi na skalę zjawiska terroryzmu i jego związki z przestępczością zorganizowaną.
Główny ciężar wojny z terroryzmem spoczywa na Stanach Zjednoczonych. Administracja Baracka Obamy przyjęła zdecydowanie odmienną strategię od administracji Busha. Duże kampanie militarne U.S. Army zostały zastąpione przez skoordynowane z lokalnymi władzami naloty bezzałogowych aparatów latających, popularnie zwanych dronami. Efektem takiej strategii było także zabicie Osamy bin Ladena w maju 2011 r. i wielu innych ekstremistów ze ścisłego przywództwa al-Kaidy i jej oddziałów (ostatnio Abu Yahya al-Libii, wcześniej Anwar al-Awlaqi – sprawa arbitralnej likwidacji al-Awlaqiego odbiła się głośnym echem w Stanach Zjednoczonych z uwagi na fakt posiadania obywatelstwa amerykańskiego, czy Abu Musab az-Zarqawi zabity przez bombę z F-16 w 2006 r.).
Równocześnie, Obama wyciągnął rękę do muzułmanów – zmienił ton na pojednawczy (jak w wystąpieniu w Kairze), uznając błędy Zachodu, takie jak popieranie despotów na Bliskim Wschodzie. Obecny prezydent Stanów Zjednoczonych, uważa że elementem skutecznej walki z międzynarodowym terroryzmem, w tym z al-Kaidą jest demokratyzacja dotychczasowych autokratycznych reżimów (Tunezja, Egipt, Sudan, Syria). Sceptycznie podchodzi jednak do demokratyzacji sojuszniczych monarchii Zatoki, Maroka, rządu w Jemenie, zapewne z uwagi na bezpośrednie zagrożenie ze strony bojowników al-Kaidy z jednej, i wpływami irańskimi z drugiej.
Taka polityka, przynajmniej w krótkim terminie, jest dokładną realizacją celów al-Kaidy – obaleniem reżimu apostatów, która odbywa się równocześnie z wycofywaniem wojsk amerykańskich z Półwyspu Arabskiego, Iraku, Afganistanu (po 2014 r.). Mary Habeck z Foreign Policy twierdzi nawet, że stanowi to sukces al-Kaidy i umożliwi im to najbliższym czasie budowy solidnego poparcia w krajach takich jak Egipt.
