Prawdę mówiąc, 23 sierpnia, gdy podpisano traktat o nieagresji między Niemcami a ZSRR wraz z jego tajnymi protokołami, jest jedynie formalnym punktem zwrotnym. Historycy twierdzą, że już w 1938 roku w Związku Radzieckim zostały wydane mapy, na których Litwę opisano jako „Litowskaja SSR“.
28 sierpnia 1938 roku na konferencji w Monachium Wielka Brytania, Francja, Niemcy i Włochy zadecydowały o losach części Czechosłowacji. Po dokonaniu aneksji Sudetów i odczekaniu około pół roku, Adolf Hitler zajął również resztę kraju. Przywódcy Wielkiej Brytanii i Francji sądzili, że dzięki postanowieniom układu monachijskiego uda im się uniknąć wojny. Mylili się.
W tym momencie Józef Stalin spojrzał na mapę Europy oczami drapieżnika. Jak pisał historyk Bronius Nemickas, 21 sierpnia 1939 roku w Berlinie podpisano nowy traktat handlowy między ZSRR a Niemcami. Traktat był potrzebny Moskwie, która uważała, że Hitler tworzy sieć współpracy i poszerza krąg sojuszników. Pomogło to nakłonić Stalina do tego, by zaprosił już kilka dni później niemieckiego ministra spraw zagranicznych Joachima von Ribbentropa, który 23 sierpnia (a właściwie w nocy z 23 na 24 sierpnia, o 1 godzinie w nocy) podpisał wraz z pełnomocnikiem rządu ZSRR, komisarzem spraw zagranicznym Wiaczesławem Mołotowem (prawdziwe nazwisko – Skriabin) traktat o nieagresji, nazwany później paktem Ribbentrop-Mołotow. W tajnych protokołach do paktu ustalono, że Finlandia, Estonia, Łotwa i Litwa przechodzi do strefy wpływów Rzeszy.
W dodatkowym protokole pojawia się zdanie, że „obie strony uznają interesy Litwy na obszarze Wilna“. Zdaniem historyka A. Kasperavičiusa, zwrot zaanektowanego 19 lat wcześniej Wilna wcale nie był gestem ze strony Stalina, lecz planem Hitlera. To Hitler miał zasugerować Ribbentropowi włączenie sprawy Wilna do tekstu traktatu. Gdyby nie to, Wileńszczyzna przypadłaby w udziale sowieckiej Białorusi, łącznie z wieloma innymi dawnymi ziemiami Wielkiego Księstwa Litewskiego.
Sowietów sprawa zwrotu Wilna w ogóle nie interesowała. Kolejny raz ustąpiono Hitlerowi, który tydzień po podpisaniu paktu napadł na Polskę. Wkrótce po tym, 17 września, Armia Czerwona zajęła całą wschodnią Polskę, aż do Wisły. W myśl tajnych protokołów paktu, Litwa i inne kraje bałtyckie, będące zadrą w tzw. strefie wpływów ZSRR, wciąż należały do Niemiec, dlatego Moskwa była zainteresowana „załatwieniem” sprawy jak najszybciej.
28 września doszło do kolejnej „wymiany“: w Moskwie podpisano traktat o granicach i przyjaźni między Rzeszą i Związkiem Radzieckim wraz z tajnymi protokołami. W zamian za polskie ziemie od Wisły naziści oddali Moskwie Litwę, zostawiając sobie jedynie południowo-zachodnią jej część, wtedy zamieszkałą przez 184 tys. mieszkańców.
19 września sowieci byli już w Wilnie, więc Moskwie pozostało jedynie dokończyć formalności. 10 października, zgodnie z narzuconym przez ZSRR Litwie traktatem o wzajemnej pomocy, Wilno i Wileńszczyzna wróciły do Litwy, a do kraju wkroczył pierwszy dwudziestotysięczny kontyngent Armii Czerwonej. Ten spisek między sowietami i nazistami znalazł też swoje odzwierciedlenie finansowe: Związek Radziecki zakładając bazy wojskowe na Litwie jednocześnie przekroczył granice obszaru, który zgodnie z II tajnym protokołem miał przypaść Niemcom.
Zajmując tę część kraju, Mołotow w nocie z 12 sierpnia 1940 roku zaproponował zapłacić za nią 3,86 mln dolarów w złocie, czyli połowę kwoty, jaką w swoim czasie USA zapłaciło rosyjskiemu carowi za Alaskę. Jak pisze historyk Bronius Nemickas, trzeci tajny protokół z 10 stycznia 1941 roku przewidywał, że ZSRR za to terytorium zapłaci dwukrotnie więcej – 7,5 mln dolarów w złocie, czyli 31,5 mln reichsmarek – znacznie więcej, niż za Alaskę w 1867 roku (7,2 mln dolarów, jednak wtedy kurs dolara był oczywiście zupełnie inny).
Historycy toczą dyskusje, dlaczego stosunek Hitlera do Litwy tak się zmienił w ciągu dwóch tygodni. Nie przetrwały żadne wiarygodne dokumenty ani inne dowody, które mogły mieć wpływ na decyzję Moskwy i Berlina o zmianie treści załączników do paktu. Historyk Kasperavičius twierdzi, że obu stronom najbardziej zależało na południowej flance – Besarabii – która wtedy znajdowała się w składzie Rumunii. ZSRR już od samego początku nie uznawał jej przynależności do Rumunii, jednak Rumunia zasilała ropą ogromną armię Rzeszy; w 1940 roku Besarabię wcielono do ZSRR, a królestwo Rumunii ostatecznie zostało satelitą Niemiec. Konfrontacja interesów nazistów i bolszewików na południu znalazła bardziej wyraziste ujście, a los krajów bałtyckich dla Moskwy nie stanowił już większego problemu.
Hitler wiedział, że nawet oddając Litwę Stalinowi i zgadzając się na przekazanie Wilna Litwinom, już za niecałe dwa lata cały ten region i tak padnie przed nim na kolana. Manewr ten potwierdzili niemieccy naziści w ściśle tajnym telegramie nr 497 do Ribbentropa, który 5 października 1939 roku wysłano do Moskwy wysłannikowi Rzeszy, grafowi Friedrichowi Wernerowi von der Schulenburgowi.
Zupełnie inną kwestią są działania rządu Litwy w tym okresie. To, że po 28 września „Litwa wyszła na spotkanie czerwonej jutrzence“, jak pisano w „Ūkininko patarėjas“, nie odzwierciedla w pełni skomplikowanej sytuacji politycznej. Międzywojenny minister spraw zagranicznych Juozas Urbšys, jakby z nutką żalu po wielu latach przypomniał sobie, że sympatię Litwinów do Hitlera osłabiło oderwanie Kłajpedy w 1939 roku, a przychylność wobec sowietów zapewnił zwrot Wilna.
Wtedy, a także jeszcze długie lata po wojnie, nikt nie wiedział o zbrodniczej transakcji Moskwy i Berlina. Dlatego potępianie w czambuł rządu Litwy za brak reakcji na nawoływanie Niemiec do marszu na Wilno i przeciwstawienia się Armii Czerwonej, a w końcu (za przykładem Polski) utworzenia rządu na uchodźctwie, świadczy o braku zrozumienia ówczesnej sytuacji politycznej.
W przeddzień wojny Litwa konsekwentnie utrzymywała swoją neutralność, oglądając się na Wielką Brytanię i Francję (choć te 3 września wypowiedziały wojnę Niemcom), wierzyła też w porażkę Niemiec w nowej wojnie. Była ona wówczas m.in. pod silnym wpływem sowieckiej propagandy. Bojowe nastroje osłabiła pozycja Antanasa Smetony w przeddzień okupacji sowieckiej: po otrzymaniu przez Litwę ultimatum od ZSRR, na posiedzeniu 15 czerwca 1940 roku Smetona opowiedział się za odrzuceniem ultimatum i zbrojnym przeciwstawieniem się agresorowi. Nie uzyskał jednak poparcia ze strony innych członków rządu oraz głównego dowódcy wojsk, po czym rzucił wszystko i opuścił Litwę.
Dopiero pół roku później zrodziła się inicjatywa zorganizowanej walki z sowietami, powstał LAF (Litewski Front Aktywistów) i pomysł utworzenia Rządu Tymczasowego, który pielęgnował mrzonki o utworzeniu pod skrzydłem nazistów niepodległego państwa. Jednak okupanci okazali się być warci siebie nawzajem. Dokumenty z tego okresu prezentuje niedawno wydana książka prof. Vytautasa Landsbergisa „Rezistencijos pradžia. 1941-ųjų Birželis: dokumentai apie šešių savaičių Laikinąją Lietuvos Vyriausybę“ (tłum. „Początek oporu. Czerwiec 1941: dokumenty o sześciu tygodniach Rządu Tymczasowego Litwy).
