W Argentynie w 1976 roku doszło do puczu wojskowego, na czele którego stał Jorge Videla. Władzę przejęła junta wojskowa, która rządziła aż do roku 1983. Wojsko dopuszczało się wówczas rażącego łamania praw człowieka. Przeciwnicy junty byli prześladowani. Zginęło, wg różnych źródeł, od 8 do 30 tysięcy osób.
Obecny papież miał rzekomo donosić na lewicujących duchownych. Podobno Bergoglio w 1976 roku wycofał ochronę dla dwóch jezuitów, którzy z jego polecenia pracowali w slumsach Buenos Aires. Duchowni - Orlando Yorio i Francisco Jalics - zostali wówczas aresztowani przez juntę. Duchowny nie próbował interweniować w tej sprawie.
Nowy papież odrzuca zarzuty. „Zrobiłem wszystko, co mogłem wtedy zrobić, biorąc pod uwagę mój młody wiek i kontakty, jakie miałem. Nie miałem wówczas wielu możliwości ani zbytniego znaczenia” – napisał w swej biografii. Według wielu źródeł dzięki interwencji biskupa Bergoglio po 5 miesiącach obaj duchowni rzeczywiście zostali uwolnieni.
Wśród głosów nieprzychylnych nowemu papieżowi krążą także niepotwierdzone informacje, o tym że "cicho przyzwalał" on na prześladowania i tortury duchownych o lewicowych poglądach oraz przymykał oko na ich "zniknięcia". Bergoglio zaprzecza tym informacjom. Zarzut przymykania oka na działania junty nie dotyczy jedynie Jorge Bergolio, a całego kościoła argentyńskiego tamtego okresu.
Nowego papieża broni laureat Pokojowej Nagrody Nobla Adolfo Pérez Esquivel. Był on kolegą Borgolio w czasach rządów junty. Jego zdaniem papież Franciszek "nie miał żadnych powiązań z dyktaturą".
