Według ministra spraw wewnętrznych Raimundasa Palaitisa, zaproponowano dwa warianty zreformowanie FNTT: albo służba była by podległa nie Ministerstwu Spraw Wewnętrznych, a Ministerstwu Finansów, albo FNTT byłaby pod bezpośrednim zarządzaniem premiera.
„Jeden z tych projektów to po prostu zmiana FNTT z instytucji podległej Ministerstwu Spraw Wewnętrznych na instytucję podległą Ministerstwu Finansów. Drugi projekt został złożony w dużym pośpiechu, dopiero dzisiaj go ujrzeliśmy, nadaje on FNTT trudny do określenia status, nie byłaby to ani instytucja rządowa, ani instytucja przy ministerstwie, tylko urząd zawieszony gdzieś w próżni, podległy premierowi” – powiedział.
Minister oświadczył, iż dopiero podczas posiedzenia rządu, dowiedział się o drugim projekcie. Jego zdaniem, stanowisko Ministerstwa Spraw Wewnętrznych jest takie, że FNTT jest instytucją dochodzeniową i tradycyjnie podlega Ministerstwu.
„Należałoby bardzo dokładnie przeanalizować wszystkie funkcje FNTT, zrobić analizę porównawczą i ocenić” – stwierdził minister.
Zdaniem ministra, możliwe są dwa scenariusze: podział FNTT na policję ekonomiczną i działy Ministerstwa Finansów, ekspertów cywilnych albo połączenie FNTT ze Służbą ds. Badań Specjalnych (Specialiųjų Tyrimų Tarnyba – STT).
„Zwiększyłyby się siły do walki z korupcją co, w moim mniemaniu, byłoby bardzo dobre, a ta służba stałaby się solidniejsza i poważniejsza” – przedstawił propozycję Ministerstwa Spraw Wewnętrznych.