W XIX w. w naszym kraju był zniesiony publiczny kult Serca Jezusowego. W styczniu 1906 roku parafianie kościoła Wszystkich Świętych w Wilnie zwrócili się do władzy duchownej i świeckiej, z prośbą publicznego nabożeństwa na cześć Najświętszego Serca i wzniesienia w Wilnie pod tym wezwaniem świątyni, by Ona ratowała kraj przed rewolucyjną pożogą.
Złożono na ten cel nieco grosza, a bogobojna rodzina Szabłowskich ofiarowała pod nowy kościół niemały plac na przedmieściu Nowe Zabudowania. J. E. Biskup Wileński baron Edward de Ropp, z inicjatywy księdza prałata Karola Lubiańca, zaprosił do zrobienia projektu architekta Antoniego Wiwulskiego. 14 marca 1909 roku komitet budowy Kościoła Serca Jezusowego złożony z 15 osób, wobec J. E. Administratora diecezji wileńskiej Księdza Kanonika Kazimierza Michalkiewicza, zgodził się do zastosowania żelazo-betonu w proponowanych przez Wiwulskiego szczegółach.
Na skutek tak poważnej decyzji, zdecydowano przedstawić do władz rządowych na zatwierdzenie sporządzonego projektu. Nagła śmierć w tym czasie jednego z członków rodziny Szabłowskich stała się powodem wielkiego zmitrężenia sprawy. Pozostała małoletnia dziatwa; nie można więc było sporządzić aktu darowizny. Parę lat zużyto na znalezienia wyjścia, i w ostateczności wypadło pomyśleć o innym placu. Znaleziono go przy zbiegu ulic Archanielskiej (ul. Vytenio) i Tambowskiej (ul. A. Vivulskio). Trzeba było zapłacić za niego z ukwestwowanych pieniędzy około czterdziestu tysięcy rubli. W grudniu 1912 r. uzyskano pozwolenie ministerium na budowę kościoła.
Budowę rozpoczęto w roku 1913. Zostały wzniesione mury, zamknięto nawę główną. Rozpoczęto wznoszenie wieży i prezbiterium. Prace nad budową przerwała I wojna światowa i przedwczesna śmierć projektanta 10 stycznia 1919 r. Wiwulski został pochowany w krypcie pod kościołem.
Pomimo nieprzychylnej sytuacji, mieszkańcy miasta Wilna nadal podziwiali we wzniesionych nawach wysokie, smukłe filary (jakby gotyckie), wielką ilość utworów dla światła płynącego z naw bocznych. Filary dźwigały beczkowe sklepienie. Sztuczne pilastry w bocznych nawach, łukiem zakończone okna, boczne wieżyczki, dodane do bryły kościoła – jakby powtarzały kanony gotyckiej katedry.
Ksiądz z Polski Jerzy Lech Kontkowski, autor pamiętnika z Wileńszczyzny "Korzenie” (rok wydania – 2010), w taki oto sposób wspomina swój pobyt w tym kościele podczas Mszy św. (1943 – 1945):
"Byłem jakby w jednym ramieniu transeptu i po przekątnej widziałem nawę główną lub prezbiterium. Widziałem wielkie puste ściany ceglane, filary żelbetowe i duży pusty prostopadłościan mensy ołtarza głównego”.
W czasie międzywojennym nie było wiadomo, czy uda się dokończyć budowlę. Niektórzy twierdzili, że trudno było zdobyć środki finansowe, niezbędne do realizacji tego ambitnego zamierzenia. Tym niemniej w latach 30-tych XX w. zdecydowano dokończyć budowę według nowego projektu, opartego na szkicach Wiwulskiego. Projekt zakładał kościół z kopułą-posągiem Chrystusa o wysokości 68 metrów i monumentalną wieżą o wysokości 108 m, bowiem według zamierzeń twórcy kościół miał się wpisać swoją sylwetką w panoramę Wilna. Na przeszkodzie stanął jednak sprzeciw konserwatywnych kręgów kościelnych, którym nie przypadła do gustu śmiała wizja świątyni, a także kwestie finansowe i techniczno-wykonawcze.
Po II wojnie światowej do 1960 roku 6 czerwca kościół Najświętszego Serca Jezusowego spełniał posługi religijne, kiedy to w czasach Litwy Sowieckiej zaadoptowano go na salę sportową. W krótkim czasie został rozebrany, a na jego fundamentach wzniesiono Pałac Kultury Budowlanych. Szczątki architekty Antoniego Wiwulskiego przeniesiono na cmentarz Rossy, a część wyposażenia kościoła oraz cudowną figurę Matki Bożej Królowej Świata przeniesiono do filii – kościoła Opatrzności Bożej na Dobrej Radzie w Wilnie, który w niedzielę (13 października) o godz. 11.00 rozpocznie uroczyście świętować Jubileusz stulecia.
