Najwięcej naruszeń, zdaniem kontrolerki państwowej Giedrė Švedienė dopuszczono się przy realizacji projektów inwestycyjnych oraz podpisywaniu umów z naruszeniem przepisów Ustawy o zamówieniach publicznych. Poza tym instytucje nieprawidłowo prowadziły ewidencję księgową.
Zdaniem audytorów, ministerstwo wbrew przepisom wydało 3, 9 milionów litów na niepaństwowe szkoły religijne oraz centrum kultury episkopatu w Wyłkowyszkach (Vilkaviškis). Niezgodnie z prawem ministerstwo przekazało 5, 3 milionów litów samorządom na dofinansowanie przedszkoli.
„Ministerstwo Oświaty i Nauki nie dołożyło należnych starań, by podwładne mu instytucje prawidłowo prowadziły ewidencję, ponieważ audytorzy wykazali powtarzające się błędy w księgowości w różnych dziedzinach. Jednak instytucje ze zrozumieniem reagowały na wskazane błędy i większość została poprawiona“ – podano w specjalnym oświadczeniu prasowym.
Audyt wykazał, że ministerstwo dopuściło się wielu naruszeń prawa zamówień publicznych. W 2008 r. podpisano umowę z UAB „Aideta“, która miała sprzedać ministerstwu komputery. Ministerstwo zapłaciło 200 tysięcy litów zaliczki, chociaż w umowie takiego wymogu nie było. Póżniej spółka zbankrutowała i ministerstwo nie zwróciło się do firmy ubiezpieczoniowej, aby uzyskać odszkodowanie.
Kontrola Państwowa zobowiązała Ministerstwo przeprowadzenia wewnętrznego dochodzenia, aby winnych wymienionych naruszeń pociągnąć do odpowiedzialności administracyjnej lub karnej. Materiał został przekazany również Prokuraturze Generalnej.
